Secara default, setiap kali Anda menghubungkan perangkat yang diawasi ke Apple Configurator, setiap aplikasi yang telah diinstal pada perangkat tersebut oleh pengguna akan dihapus.
Dengan Apple Configurator v1.1 atau terbaru, Anda dapat mengubah pengaturan ini di Preferences (Preferensi), pada menu Apple Configurator.