V predvolenom nastavení platí, že pri každom pripojení spravovaného zariadenia k aplikácii Apple Configurator sa vymažú všetky aplikácie, ktoré do daného zariadenia nainštaloval používateľ.
Počnúc aplikáciou Apple Configurator 1.1 môžete toto nastavenie zmeniť v okne Preferences (Nastavenia), ku ktorému získate prístup pomocou ponuky aplikácie Apple Configurator.