Amikor csatlakoztat egy felügyelt készüléket az Apple Configurator programhoz, a szoftver alapértelmezés szerint törli az összes olyan alkalmazást, amelyeket valamelyik felhasználó telepített a készülékre.
Az Apple Configurator 1.1-es vagy újabb verziójában az Apple Configurator menü Preferences (Beállítások) parancsára kattintva módosítható ez a beállítás.