Výchozí chování je takové, že při každém připojení spravovaného zařízení k Apple Configuratoru budou smazány všechny aplikace, které do tohoto zařízení nainstaloval uživatel.
V Apple Configuratoru 1.1 a novějším můžete toto nastavení změnit na panelu Preferences (Předvolby) přístupném z nabídky Apple Configurator.