По подразбиране, когато и да свържете контролирано устройство към Apple Configurator, каквито и приложения да са инсталирани на това устройство от потребител, те ще бъдат изтрити.
В Apple Configurator версия 1.1 или по-нова версия може да промените тази настройка в Preferences (Предпочитания) под менюто Apple Configurator.